In de eerste helft van de zestiende eeuw was er onvrede over de kwaliteit van de schoolmeester, die overigens vanwege zijn geringe honorarium nog de nodige nevenwerkzaamheden verrichtte om in zijn levensonderhoud te voorzien. In 1559 besloot men uit te kijken naar een gesellen om de taak van de schoolmeester te verlichten. Een definitieve oplossing kwam er echter pas in 1574, toen tussen het kapittel en de stad een contract gesloten werd over de benoeming, de taken en de bekostiging van de schoolmeester en de ondermeester. De inkomsten van het Eligiusaltaar in de kerk en van het Catharina-altaar in het gasthuis werden voor de school gereserveerd. Op de school werd onderwijs gegeven in het Duits en in het Latijn, aan jongens en aan meisjes, die overigens van elkaar gescheiden zaten. De afspraken waren duidelijk en bleven van kracht tot de opheffing van het kapittel. Noemenswaardige problemen deden zich niet voor, behalve tijdens het rectoraat van Cornelius Nelissen. De moeilijkheden waren enerzijds een gevolg van het feit dat Nelissen geen geestelijke was, maar wel de rechten van de geestelijke staat opeiste, anderzijds viel in 1677 - ??n jaar voor het begin van Nelissens rectoraat - het schoolgebouw ten prooi aan de plunderende Fransen en verliep het herstel (1691-1699) moeilijk doordat zowel de stad als het kapittel zich aan de plicht hiertoe trachtte te onttrekken.
Als rectoren/schoolmeesters van de kapittelschool worden vermeld: Paulus de Zugraedt (1565-1567), Joannes Lipsen (1567), Arnold Tonsorius (1591), meester Franciscus (1594-1595), Angelus Meiers en Johan Krekelmans (tot 1626), Johan Isenbrocher (+ circa 1668) en Marcelius Pesch (+ 1663), Peter Simonis (+ 1678), Cornelis Nelissen (+ 1732), Arnoldus Cortleven (+ 1778), Servatius Schlaun (vertrek 1791), Nicolaas Salden.
Andere verhalen over dit onderwerp:Latijnse School, Onderwijs.